トワイライトタウンで目覚めたロクサスはⅩⅢ機関の一員に迎えらる。ロクサスの教育係のアクセルはロクサスとの友情を深め、任務のあとは時計塔で一緒にアイスを食べる仲になっていく。

やがて14番目の機関メンバーとして、シオンが迎えられる。シオンと共に任務をこなす機会が増えていったロクサスは打ち解け合い、アクセルとも友情を深めていく。

毎日ミッションをこなし、いつもの場所でアイスを食べる3人。夕日を見ながら他愛もない会話を繰り返す日々が大切な時間となっていた。しかしある日の任務をきっかけにシオンは自分という存在に疑念を抱く。

シオンをめぐる真実、自分が何者なのかを確かめるロクサスたちは大きな決断を下すことになる。

本作はニンテンドーDS版のゲームとして発売されたが、現在は「HD 1.5+2.5 ReMIX」に映像作品として収録。

ミッション制で進行するアクションRPG。パネルシステムでアビリティや魔法をカスタマイズし、キャラクターを育成する独自の成長システムが特徴。

ミッション制	毎日組織のミッションをこなしながら物語が進む。
パネルシステム	スロット欄にパネルを配置してアビリティや魔法を装備。
マルチプレイ	複数のキャラクターを使える協力プレイモードがある。
ミッションモード	ストーリーモードと同一のデータを使用して、ホログラムミッションに1〜4人で挑戦するモード

ロクサスとアクセル、シオンの関係性はKH2を深く理解するための鍵。「HD映像版」でもストーリーを十分に理解できる作品。